L'infrastruttura di microscopia, rappresentante un unicum nel panorama della ricerca nazionale, include il microscopio a ioni He (HeIM), il microscopio elettronico a scansione (SEM) con la variante avanzata dell'emissione di campo (FEG) ed il microscopio elettronico in trasmissione (TEM). Il loro campo di applicazione spaziano nell'analisi morfologica e micro-analitica dei materiali funzionali per applicazioni industriali a sostegno del tessuto imprenditoriale regionale e nazionale.